Науковий відділ Тернопільського медичного інституту був частиною навчально-наукового підрозділу медінституту з моменту його заснування. На початку 70-х років його було виділено в окремий науково-дослідний сектор, яким безпосередньо керував проректор з наукової роботи. В різний час у науковій частині працювали інспектори та секретарі-машиністи: – Т.О.Завадська, О.І. Кулик, старшим інспектором науково-дослідного сектору з 1979 до 2001 р. була О.І. Яковенко.

У 2013 р. за наказом ректора Тернопільського державного медичного університету імені І.Я.Горбачевського, введено посаду керівника наукового відділу, на яку призначено О.О.Шевчук.

Науковий відділ підпорядковується проректору з наукової роботи університету І.М. Кліщу.

Важливим напрямком роботи наукового відділу університету є підготовка науково-педагогічних кадрів. Крім цього, в обов’язки відділу входять:

• планування та контроль за виконанням науково-дослідних робіт;
• інформаційне та методичне забезпечення дисертаційних робіт аспірантами та здобувачами;
• координація роботи науково-дослідних лабораторій університету;
• організація видання наукових праць; супровід та підтримка винахідництва і раціоналізаторства співробітниками університету;
• розширення міжнародного співробітництва у сфері наукових інтересів;
• упровадження результатів науково-дослідних робіт у практичну медицину.

З 2003 до 2013 р. окремим підрозділом університету функціонував відділ організації наукових форумів, який у різні роки очолювали : проф. С.І. Климнюк, доц. В.В. Франчук, проф. А.А. Гудима, доц. В.Д. Волошин. До весни 2022 року за цю ланку відповідала провідний фахівець з організації форумів Н.Т. Петришин. Зараз за неї відповідає провідний фахівець Т.О. Бісовська.

Для підтримки та розвитку творчого потенціалу професорсько-викладацького складу університету, пошуку та відбору перспективних кадрів і майбутніх науковців науковий відділ закладу тісно співпрацює з радою молодих учених і студентським науковим товариством.